Градња Нове чајничке цркве почела је 1857. а завршена је 1863. године. Зидао је неимар Петар Тодоровић из Велеса. Исти мајстори су украсили  цркву иконостасом у дуборезу, иконама и зидним сликама. Из натписа изнад улазних врата видимо да је Нову цркву осветио 1863. године митрополит босански Игњатије са јеромонахом Антонијем Костићем, и свештеницима Танасијем Комадановићем и Јосифом Тановићем.  

Нова чајничка црква је великих размјера и занимљивог, необичног и неуобичајног изгледа и облика. Начињена је у стилу старих источњачких грађевина, у духу и намјени православне вјере и богослужења. Грађевина је правоугаоне основе са плитким олтарским дијелом на источној страни. Обимни зидови су дијелом од тврдог камена, а дијелом од крупне и јако шупљикаве седре. Сводови су такође од седре. Главни утисак и љепоту овом храму даје кров, са 18 већих и мањих полулоптастих кубета, која покривају унутрашњост као умањени небески сводови. Овећи лучни прозори издигнути су високо при кровном вијенцу. Са запада је лијеп, каменом уоквирен улаз. Испред улаза уздиже се високи звоник, подигнут 1893 – 1897. године, који својим обликом нешто одудара од цркве.

Још у прошлом вијеку Нова црква претрпјела је извјесна оштећења од јаких земљотреса. За вријеме Другог свјетског рата, када су Италијани запалили експлозив у црквеној порти, црква је добрим дијелом оштећена, нарочито кров и бакарни покривач на кубетима. Услијед поремећаја зидова и прокишњавања напуклих сводова, у ноћи између 26. и 27. марта 1946. године срушило се неколико кубета, сводова и дио јужног оштећеног зида. У таквом стању црква је била око десет година. Обновио ју је јеромонах Василије Домановић, који је у Чајниче дошао 1954. године. Пројекат за обнову израдио је архитекта Момир Коруновић из Београда у сарадњи са архитектом Душаном Милосављевићем, који су цркви сачували првобитан изглед. Урађен је нови иконостас у дуборезу од ораховине, иконе је сликао Иван Мељников из Битоља, поријеклом Рус. Цркву је осветио на Малу Госпојину 1959. године српски патријарх Герман са скоро свим српским епископима.

Како су извјесни дијелови зиданих површина у цркви били живописни и приликом страдања храма пропали, биће замјењени и обновљени копијама наших најљепших фресака из старих немањићких задужбина : Студенице, Старог Нагоричева, Грачанице и Марковог манастира, које је радио ђакон Марко Илић 1981. године.